自2010年开始，云南省应用技术研究院在前期深入调研、充分协商的基础上，与云南师范大学、昆钢大红山管道有限公司等6家单位分别就共建云南省应用技术研究院可再生能源中心、云南省应用技术研究院管道输送技术研究中心等6个共建专业研究机构进行了深入对接策划，云南省科技厅分别与6家单位签署了共建协议。在此基础上，云南省应用技术研究院连同6家单位策划、凝练了平台建设项目和重大应用技术开发项目，完成共建机构理事会组建及内部管理制度建设等工作。

目前，6个专业研究机构均已分别召开了第一次理事会会议。会议通过了章程、管理办法等文件，产生出了各专业研究机构的主要负责人。第一次理事会会议后，各共建专业研究机构将围绕各自的发展规划和年度目标任务，正式开展工作。

据统计，6个共建专业研究机构在2011年度中培养了博、硕士共29人；中青年学术和技术带头人及创新人才18人；引进了博士6人，具有高级职称的专业技术人才8人；60名专业技术人员职称提到提升。6个共建专业研究机构在2011年度中共计销售收入271106万元，净利润48831万元；研究开发累计投入11803万元，科研人员共计1114人。6个共建专业研究机构在2011年度中申请立项的国家级科研项目共计10项，省级科研项目共计17项，州市级项目共计2项，项目总经费11970万元，资助总额1906万元。6个共建专业研究机构在2011年度中累计申请专利181项，取得授权81项，制定标准7项；科技成果转化61项，直接创造的经济效益共计38752万元。此外还发表了论文共182篇，其中发表在核心期刊上的共有102篇。