云南现代民族药工程技术研究中心自2007年组建成立以来，一直采用由理事会聘请中心主任负责制管理模式运行，但并不具备独立法人资格，其资产一直由云南省药物研究所代管。2011年10月，根据科技厅党组的决定，由省应用院牵头，将云南现代民族药工程技术研究中心办理成具备独立法人资格的民办非企业科研单位。通过4个多月的努力，截至目前，云南现代民族药工程技术研究中心的《民办非企业登记证》、《组织机构代码证》、《税务登记证》、《开户许可证》等相关证照已全部办理完毕，可正式开展相关业务工作。

云南现代民族药工程技术中心是经省民政厅正式核准成立，省科技厅作为上级业务主管部门，由省应用技术研究院直接管理，具备独立法人资格的民办非企业科研单位。旨在充分发挥云南的民族药优势资源，集成多方研究技术力量，在继承彝族药云南白药、苗族药灯盏花系列药物的基础上，开发疗效明确、科技含量高、安全可靠、质量可控的民族创新药物，成为云南民族医药新经济增长点的孵化器，提供民族药研发和工程技术转化高层次平台，提高云南民族药自主开发创新能力的科研机构。